Enigma (Enigma)
Con: Pancho Demmings (Gerald Jackson), Joe Spano (FBI Agent T.C. Fornell)

Un ufficiale dell'esercito è sparito in Hirak insieme a un milione di dollarie il suo autista è stato trovato morto. Ma poi viene rintracciato mentre rientra a NewYork sotto falso nome, secondo Kate potrebbe essere una missione sottocopertura ma secondo il Direttore dell'NCIS qualcuno al pentagono doveva esserne a conoscenza ma l'FBI crede che abbia inscenato lui stesso l'assalto per appropiarsi di quei soldi. Gibbs non ci crede poichè conosce il colonnello Ryan e quindi tenta in tutti i modi di ritrovarlo e di scoprire la verità prima che lo faccia l'FBI. Abby scopre dal video di sorveglianza che il colonnello al momento dell'arrivo a NewYork stava parlando con qualcuno ma al suo fianco non c'era nessun'altro oltre a lui. Gibbs chiede ad Abby di analizzare anche gli altri video. Nel frattempo Gibbs riceve un pacchetto nel quale si trova una bottiglietta di liquore, il quale è avvolto da un biglietto sul quale v'è scritto: "milioni trafugati dall'hirak per finanziare missioni occulte" si potrà notare poi che queste bottiglietta deve avergliela regalata lo stesso Gibbs all'epoca Sergente al colonnello Ryan. Gibbs crede di sapere dove si trovi il colonnello e si reca con Tony e Kate nella capanna dove il colonnello andava in licenza, ma al loro arrivo non trovano altro che la porta scassinata e colpi di fucile all'interno, in una delle stanze Tony e Kate trovano anche un cadavere legato ad una sedia con un colpo di fucile in piena fronte, di fronte a lui c'era un fucile puntato, secondo Tony il tipo era morto da meno di 4ore e secondo Kate il colonnello lo stava interrogando. Secondo Gibbs non è stato il colonnello Ryan ad uccidere quell'uomo e Kate deduce che Gibbs ne sa molto di più di quanto non dice.