Il grande occhio (Eye Spy)
Guest Star: Sean Murray (Agent Tim McGee), Pancho Demmings (Gerald Jackson)

Un'omicidio avviene a Little creek, la vittima è un capitano di corvetta e a denunciare l'omicidio è stata una telefonata anonima arrivata al comando del posto. Era distaccato come consulente tecnico alla Size Ken, una ditta che ha un'appalto per la base naturalmente non si sa di cosa visto che si tratta di informazioni riservate. Si scopre che voleva andare ad immergersi per provare dei test su un nuovo apparecchio, una pistola sonar destinata alla sorveglianza dei porti, l'unico prototipo in funzione è sparito. Tony chiede a McGee di rintracciare la provenienza della telefonata non per vie ufficiali e riesce a scoprirlo ma Tony nota un'asterisco in fondo al numero e ordina a Mcgee di scoprire il perchè, risulta provenire dalla Virginia o meglio dalla base della Cia in virginia. Gibbs accusa quindi la cia di spiare una base navale americana, Abby grazie all'aiuto di un suo amico che si è infiltrato nella rete della cia scopre chi controllava il satellite che a quell'ora spiava il capitano, Gibbs e Kate vanno a parlare con lui e riescono ad avere accesso alle registrazioni delle riprese del satellite di quel giorno. Abby scopre dal computer del capitano che era dubbioso sull'affidabilità dell'arma che stava testando, sospettava che avessero alterato i dati dei test. Duckie rileva il DNA di una donna sul corpo del capitano e Tony va alla base navale di Little Crek per scoprire chi era la donna che stavano "spiando" gli agenti della Cia con il satellite poichè potrebbe aver visto e riconoscuto l'assasino del capitano che risulta essere mancino.