Salvate le balene (Sub Rosa)
Con: Sean Murray (Agent Tim McGee), Pancho Demmings (Gerald Jackson)

Viene trovato nell'acido fluoridrico un cadavere, appartenente ad un marine.
Abby scopre che la macchia trovata sull'avambraccio è la coda di un delfilno e Gibbs sospetta che fosse un sommergibilista e che l'assassino l'avesse messo nell'acido non solo per sbarazzarsene ma anche per renderlo irriconoscibile...
Tutti gli equipaggi risultano apposto quindi si sospetta che lo abbiano ucciso per poi prenderne il posto, Gibbs sospetta che si trovi sul Philadelphia partito un giorno prima dal molo... L'agente Todd e Gibbs vanno quindi sul Philadelphia per controllare i nuovi arrivati e assicurarsi che sia tutto apposto. Gibbs interroga i 5 sospettati uno ad uno 3 di loro mentono su qualcosa ma non sanno su cosa. Gibbs sospetta che uno di quei 5 ha intenzione di sabotare il sommergibile. Abby risale alla faccia del marine ucciso ma non assomiglia a nessuno dei 5 sospetti. Gibbs quindi pensa che il loro uomo potesse lavorare nell'ufficio personale a Nortfolk e abbia alterato le schede di servizio prima che arrivassero a lui o al capitano del sommergibile.... Abby cerca di trovare le foto dei 5 sommergibilisti prima che venissero alterati. Tony scopre che un civile si è licenziato di recente dall'ufficio schede dei marine (in realtà è stato l'agente McGee)... Gibbs scopre che uno dei marine mentiva per il carcere minorile quindi ora i sospetti sono 4. Tony e McGee vanno nella casa del civile che si era licenziato e trovano una linea adsl che finisce in un nascondiglio dove scoprono che il tipo è un ecoterrorista che vuole vendicare le balene uccise. Scoprono che vuole usare il gas Sarin e sopettano che voglia liberarlo nel sistema di condizionamento. Intanto Abby scopre il cadavere è il sottoufficiale Dru addetto al sonar ma a quanto pare l'ufficiale non voleva usare il sistema di condizionamento per uccidere l'equipaggio.....